Im Zusammenhang mit ihrer neugotischen Umgestaltung erhielt die Thomaskirche 1889 eine neue Orgel von Wilhelm Sauer (Frankfurt/Oder). Das Werk hatte auf drei Manualen und Pedal 63 Register und mechanische Kegelladen.
Nachdem sich die Orgel im weiteren Verlauf ihrer Geschichte klangliche Veränderungen im Sinne des Neobarock gefallen lassen musste, wurde sie seit 1988 in mehreren Restaurierungsetappen durch die Orgelbauwerkstatt Christian Scheffler in ihren alten Zustand von 1908 zurückversetzt.
Während der Restaurierung der Thomaskirche in den Jahren 1997 bis 2000 war die Sauer-Orgel das einzig bespielbare Instrument. Durch den Baustaub wurde sie stark in Mitleidenschaft gezogen. Im Jahr 2005 wurde das gesamte Pfeifenwerk der Orgel ausgebaut und jede der fast 6.000 Pfeifen in Handarbeit gereinigt, wieder eingebaut, nachintoniert und gestimmt.
